SAVAGE déjoue la complexité virale


Cet outil bio-informatique établit la carte génomique des principaux variants d’une même population de virus, permettant ainsi d’identifier rapidement leurs caractéristiques. Cette prouesse technique pourrait contribuer à circonscrire certaines épidémies.

La plupart des virus qui infectent l’homme subissent une succession de mutations afin d’échapper à la réponse immunitaire de leur hôte. Les nombreuses sous-espèces qui en résultent, très proches sur le plan génétique, se révèlent très difficiles à différencier par les outils de séquençage traditionnels. Grâce à un tout nouveau procédé d’assemblage mis au point par une équipe franco-néerlandaise1 Laboratoire d’informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier (CNRS/Université de Montpellier) et le Centrum voor Wiskunde en Informatica (CWI) d’Amsterdam. , il est désormais possible de reconstituer ces génomes viraux.

Ce logiciel, baptisé SAVAGE, intervient après la phase de séquençage qui consiste à séparer le génome en plusieurs morceaux d’ARN. C’est en appliquant à ces séquences des chevauchements bien plus importants que ceux d’une méthode d’assemblage classique que SAVAGE parvient à distinguer les différentes sous-espèces d’un même virus. Leur part respective est en outre estimée avec précision via un algorithme de reconstruction progressive et simultanée des génomes.

Des tests réalisés sur des cellules en culture infectées par divers variants du VIH ont permis aux chercheurs de démontrer en situation réelle les capacités de discrimination de leur logiciel. Parce qu’il permet de suivre au fil du temps l’évolution des principales sous-espèces virales infectant un organisme vivant, un tel outil laisse entrevoir la possibilité de neutraliser les plus agressives à l’aide de thérapies ciblées.